从育种角度出发，核心群追求资源的多样性，要求保留尽可能多的育种素材，以保证不同性状拥有合理的变异。而从生产角度，则希望高度一致性，希望优秀的种质资源能快速在群体里扩散。这二者之间的冲突，导致核心群选配、种猪选留、性能测定等育种过程中均会带来一系列的矛盾。选配时，育种要求控制种公猪在核心群的配种数量，而生产者希望扩大优秀种公猪在群体中覆盖面；选留时，育种要求再优秀的种猪，也要控制其在核心群中比例，但生产者希望优秀的种群尽可能多覆盖整体群体；性能测定时，育种者希望相对均衡地选择不同来源的后代进入测定环节，而生产者则希望让最优秀的后代尽可能多的进入测定环节。

又如，在母猪初生时，育种者希望准确记录初生信息，但生产者则把一些初生时弱小的仔猪记为死仔，这样有利于保证哺乳期成活率的指标达到标准。从经营环节就更突出，生产者希望低成本生产更多的猪，满足市场需求并获取直接利润，而育种者则希望高效地选择并培育出优秀种猪，满足种群更替需求，但难以看到直接的利润。

做好生产与育种的协调，是种猪现场育种面临的困惑之一，要化解二者矛盾，需要业主、经营者综合平衡当前利益与长远利益的关系，从顶层设计、绩效考核等多角度来规范各自行为。同时，也需要市场上认可育种工作的价值，高强度选择并培育出来的优秀种猪，应获得相应的直接回报。

育种值估计时，除了考虑种猪个体本身的成绩外，还综合了亲本、同胞甚至后裔的成绩，同时对相应的环境效应进行了估计，接近于种猪遗传潜能的真实评价。但由于我国环境变异过大，经常性导致表型变异掩盖实际遗传进展的现象，导致业主甚至育种技术人员均对种猪育种值半信半疑。尤其是当种猪育种值估计信息量少导致偏差时，认为表型才是硬道理，忽视育种值综合指数的排序，甚至直接根据消费者对肉猪体型的偏好，直接应用于种猪选择。这种做法，直接干扰了持续遗传进展的获得，而且由于育种人员的变动，不同人对种猪表型感性认识差异的客观存在，导致育种方向的不明确。

这个困惑的客观存在，与商品猪市场的定价方式存在很大关系，目前我国商品猪销售市场仍由分布在各地猪贩子所掌握，他们根据各自市场的不同及各自价值取向，采用现货交易定价方式进行，增加了育种方向的不确定性。近年，随着大型食品企业的逐步兴起，合同交易方式也逐步得到产业链的认可，价值育种成为可能。

究竟多大规模的企业可以成为育种场？这也一直成为行为争论的热点问题，也给我国种猪生产者、技术人员带来不少疑惑。

从目前的生猪生产环节的市场规模看，我国种公猪精液市场约100亿元，纯种、商品代母猪市场约300亿元，仔猪市场约1600亿元，商品活大猪市场13000亿元左右。从行业集中度看，我国生猪种业仍相对较低，近年随着大型一体化养猪企业的兴起，挤压了一些中小型独立种猪场的生存空间。但大型商品化种业公司仍处于雏形阶段，只有四川天兆、湖南佳和等少数种业公司在分区域开展全国性布局，种猪年销售能力超过10万头，覆盖的生产体系规模也非常大。

由于这种分散市场的客观存在，导致在目前市场环境下，纯种猪生产商品化率12%、二元杂母猪商品化率18%是种猪场生存的底线。在一些生猪生产密集的区域，一些中小规模种猪场，仍可围绕相对稳定的母猪生产企业开展持续种猪生产供应关系。这类种猪场采取定期小量引种或精液引进的方式，改良种群性能，但相对来说，通过育种持续改进的动力就相对不足。

由此，如果没有庞大的商品猪生产体系支撑，育种场要获得持续的遗传改良，建立区域性联合育种体系是未来中小规模种猪场的有效选择（丹育是典型案例）。可喜的是，目前广东、湖南等省均纷纷从全省良种繁育体系角度出发，统一规划布局种公猪站，着手解决商品猪生产体系父系猪问题，同时，构建以核心场为主体的区域性种猪联合育种体系。

育种工作是一项长期的事业，需要行业内各个环节的支持。作为世界第一大生猪产销大国，育种事业也是国内从业者责无旁贷的事业，同时需要几代人的努力，才可能成就我国种猪育种伟大事业。现场种猪育种作为这项事业的一个环节，尽管面临着这样那样的困难与困惑，作为这项事业的一分子，我们也有理由相信，一定尽力去站好这项事业发展历史阶段的一班岗，为我国种猪育种事业的健康、持续发展描上精彩的一线。