品系指的是品种内的一个类群，体形外貌可能不能与品种同其它类群区分开，但是生理上，或者生产性能有明显的自身特点。影响品系培育选择效果的因素主要是两个，即遗传漂变和度量误差。遗传漂变指的是由于种猪选择时的随机误差，如全同胞的随机留种，导致基因频率的变动，尤其是小群体，该效应更明显，而且遗传漂变的效应是累积的，某个世代的变化结果总是作为下一世代的起点。猪育种中度量误差永远存在而且无法消除，我们只能尽量减少，如测定结束体重为100千克，实践上可能没有一头猪的结束测定体重为100千克，目前我们应用错误的假定，即接近测定结束体重时猪的生长速度为线性的、每头猪的生长速度均相同，利用线性插值法来校正测定期猪的生长速度，或者达测定活重的日龄。

由于这两种误差的存在，使选择效果具有很大的不确定性，如果主动育种群群体规模不足，可能无法达到选择目标。如果只是选择几个世代，一般只需要15～20个血统的公猪，400～500头母猪，而为了有理想的和长期的选择进展，需要50个以上血统公猪，约1000头母猪规模，这样才能使遗传漂变不至于对选择效果造成过大的不利影响，保证有正常的选择进展。许多公司进行品系培育的效果不理想，主要是规模达不到要求。

主动育种群规模足够大，只是品系培育的必要条件，不能保证选择的后代均是优秀个体。选择性状和测定性状的确定需要的知识不多，一般大学毕业生都能够根据育种学知识确定。目前，后备种猪育种值的计算方法一般为多性状BLUP（编注：BLUP，即最佳线性无偏预测法——Best Linear Unbiased Prediction，是一种能显著提高遗传进展，特别是对于中等程度和高遗传力遗传力性状和限性性状，系谱信息较健全，个体表型值较准确的性状，其效果更加明显的方法），由于需要较多数学和统计学知识，BLUP的应用是一个难点。

BLUP是根据猪的性状值计算出的育种值期望值。某个个体该期望值的正确性，即和真值的接近程度，取决于测定性状的正确性以及与该个体血缘相关个体的数量，后者取决于主动育种群的规模，计算育种值时数据的正确性就成了育种值计算结果正确的关键。由于猪育种的数据量很大，每条数据都正确难以做到，数据错误一般来自输入错误。有人利用统计学知识，直接剔除过大和过小的性状值，而正常范围的则直接应用于育种值计算。这种方法显然是不可取的，因为不能保证应用于育种值计算的数据是正确的。所以，最好有专人检查输入计算机的数据是否正确并及时改正。即使非常细心，也无法保证没有错误，因此，根据BLUP结果的特点，通过对BLUP结果的审查，判断原始数据的正确性也是十分必要的。

动物育种中，基础群指的是亲本未知个体，通常情况下，它们是开始品系培育时的种猪。BLUP的计算时，基础群的育种值均值等于0，其它世代上体的育种值是基础群育种值的相对值。因此，我们可以根据所选择后备种猪育种值的年度或世代变化观察选择效果，以及原始数据的正确性。作者曾碰到某猪育种专用软件的BLUP育种值平均值等于0，理论上，除非对BLUP结果进行中心化，否则全群BLUP结果的均值不等于0。有软件还会针对过大和过小的观察值进行处理，使其结果看起来正常，如一头猪的生长速度错误地输入一个过大值10000克/天，其BLUP育种值只有120，而不是大于2000的某个值，因为生长速度的群体均值不会超过1000克/天，遗传力大约为0.3，那么该软件的可靠性就应该受到怀疑。如果某头猪的育种值和亲属相比差别非常大，那么该头猪的数据可能是错误的。

BLUP模型也是猪品系培育的一个关键。生长性状和胴体性状，如生长速度、目标体重背膘厚、目标体重日龄，均为简单的动物模型，除性别和场年季等固定效应外，只有加性效应和环境效应为随机效应，需要给出加性效应方差和环境效应方差。繁殖性状，如产活仔数、21天仔猪窝重，为重复力动物模型，模型中的随机效应有加性效应、永久环境效应和随机环境效应等，需要给出这三种随机效应的方差。

猪品系选育的成果，最终目标是应用于商品猪的生产。养猪生产的目的为猪肉，肉用动物的繁育体系均为杂交体系。世界范围内，80%的商品猪是由三元杂交繁育体系生产的，研究表明，四元杂交和五元杂交繁育体系商品猪的生产性能相似。

根据杂种优势理论，杂交F1代的杂种优势最高，因此，商品生产用的母猪绝大多数为长白猪和大白猪F1杂交种。轮回杂交的杂种优势约为F1的2/3，但这种方式的优点是杂种生产母猪时也利用了杂种优势，母猪的繁殖性能与F1母猪差不多，国外育种公司也用这种方式生产杂种母猪，售卖给小型养猪场。

很少人在购买杂种母猪时考虑体形外貌，杂种母猪的体形外貌要求与纯种母猪相同，人们最容易忽略的就是外阴的外形，要求大而平，外阴过小预示繁殖系统发育不良，后部上倾尤其是钩状的容易患阴道炎，而后部下斜的可能受胎率不高。乳房的形状对于仔猪哺乳期生长有重要作用，要求大而直，分布均匀，不能有瞎乳头和反转乳头，乳头向外翻的母猪易患乳房炎。

虽然繁殖性状和纯种公猪接近，但性成熟时杂种公猪的性欲旺盛，随年龄增加，杂种公猪与纯种公猪的这个差别逐渐缩小，成年后完全消失。最常见的杂交公猪为杜洛克和汉普夏杂交种；以前由于汉普夏猪携带有显性的酸肉基因，使猪肉加工厂蒙受损失，法国人改用皮特兰和杜洛克公猪杂交种，但即使是兰尼丁受体基因型全部为阴性纯合子，皮杜长大商品猪肉仍然有相当大部分为PSE肉胴体。生产杂交公猪的成本肯定比纯种公猪高，而且目前由于人工授精技术的普及，公猪的性欲几乎对养猪生产没有用处；养猪生产总的趋势是越来越多利用纯种公猪杜洛克作为养猪生产的终端父本。